Slunce zapadá nad zeměmi regionu Valisthea. Po staletí se lidé svěřovali síle jejích krystalů, aby se těšili z požehnání, jež se jim odměnou dostalo. To se projevilo ve formě éteru, který je zdrojem magie, používané v každodenním životě. Jakmile ovšem éter začne slábnout a okolní země se vlivem nákazy začnou měnit v chřadnoucí pustinu, obyvatele přepadne touha vlastnit poslední záblesky umírajícího mateřského světla. A přesto – v rodící se bouři existují tací, kteří mají pocit, že odkaz krystalů určoval osud lidstva již příliš dlouho...
Hra Final Fantasy XVI představí temný fantasy svět, kde o osudu země rozhodují mocní Eikonové a Dominanti, kteří jimi vládnou. Vy budete události sledovat z perspektivy Clivea Rosfielda – válečníka ze šlechtického rodu, kterému byl udělen prestižní titul První štít Rosaria. Ten přísahal, že bude za všech okolností chránit svého mladšího bratra Joshuu. Nebude však trvat dlouho a Clive bude svědkem tragických událostí, které jej donutí přísahat pomstu Dark Eikon Ifritovi – tajemné entitě, v jejíž stopách kráčí jen zmar.
Země Valisthea je poseta Mateřskými krystaly – blyštivými horami, které se tyčí nad královstvími, zahrnující je svým éterem. Po generace se lidé k těmto majákům vztahovali a brali si od nich jejich sílu, aby mohli kouzlit a zlepšovat tak svůj svět plný pohodlí a dostatku. V průběhu staletí se tak kolem každého krystalu shromáždila velká síla a zároveň podivný klid a mír. A právě nyní je tento mír ohrožen, jak se zeměmi šíří zvláštní nemoc, jež ohrožuje jejich dosud pevnou vládu.
Na počátku příběhu se zhostí role patnáctiletého Clivea Rosfielda, který slouží coby ochránce svého mladšího bratra Joshui na pozadí neustále sílícího neklidu v zemi. Ačkoliv Clive není Dominant, jeho bratr s ním svou sílu sdílí. A když jej jejich knížectví při tragických událostech napadeno, objeví se naplno síla temného Eikona Ifrita. Aby našel v tomto světě své místo, stává se Clive Prvním štítem Rosarie, přičemž jeho úkol je jasný – pomsta Ifritovi za příkoří, které postihlo jeho zemi.
V každém království země Valisthea žijí Eikoni – nejsilnější a nejvíce smrtící nestvůry. Ti přebývají v Dominantovi – ženě či muži, kteří byli obdařeni schopností přivolat jejich strašlivé síly. Zatímco některých národech jsou Dominanti oslavováni a bráni jako šlechta, v jiných jsou obáváni a nuceni sloužit coby nástroje války. Všichni mají ale jedno společné – žádný z nich nemůže uniknout svému osudu, ať už je sebe krutější.